L’enseignement du Centre a pour but de fournir une formation à la recherche en « Histoire et Civilisations du sud-est Européen — et plus particulièrement de l’espace grécophone — pendant la période byzantine et jusqu’à la formation des Etats nationaux dans la péninsule balkanique. Le sujet est abordé dans une perspective spécifique, celle de l’individuation des continuités et des discontinuités entre Moyen-Âge et époque contemporaine, et de l’étude des adaptations des éléments caractéristiques de l’esprit grec aux différentes contraintes historiques. En ce sens, l’étude du Moyen-Âge grec et de la civilisation grecque moderne devient l’une des racines culturelles de l’Europe, le tréfonds idéologique et la base culturelle sur lesquels a été fondée l’« autre Europe », toute aussi européenne que l’occidentale, l’« autre Europe », que l’occidentale n’est pas, mais qu’elle aurait pu être.
Le programme d’enseignement concerne à la fois l’étude de la production littéraire byzantine, l’étude des archives des communautés grécophones de l’espace balkanique ; l’image de l’Autre, notamment des occidentaux, pendant la période plus récente et surtout au moment des grands conflits balkaniques ; l’étude de la civilisation serbe, des nationalismes dans le sud-est européen et des relations culturelles entre Byzance et la Russie.
La plupart des étudiants rattachés au Centre sont des étrangers, notamment des pays européens, qui viennent compléter leur préparation scientifique en France et qui normalement retournent à leur pays d’origine après l’obtention de leur doctorat, donnant naissance de cette manière à une étroite liaison scientifique et intellectuelle entre les pays européens. Les étudiants ainsi formés peuvent répondre, de par leur compétence, aux besoins manifestés par les organismes de recherche, les archives et l’enseignement universitaire.